为进一步服务于党中央和财政部关于建立权责发生制政府综合财务报告制度的中心工作，助力学院建设国际知名会计学院，厦门国家会计学院联合福建省财政厅、厦门市财政局、厦门大学会计系、致同会计师事务所、厦门天健咨询有限公司和唯你网于2018年6月共同发起成立政府综合财务报告研究中心（2021年12月，该中心更名为预算绩效与政府会计研究中心）。

预算绩效与政府会计研究中心致力于打造中国最权威的产学研一体化、开放性政府会计研究平台，将围绕建立政府综合财务报告数据库、建立政府综合财务报告分析应用模型与评价分析体系开展工作，研究国内外政府会计准则制度体系，开展政府综合财务报告编制与应用、政府会计准则制度实施等领域培训。