学院实行党委领导下的院长负责制，董事会由财政部、中央组织部、国家发展与改革委员会、国务院国有资产监督管理委员会、商务部、教育部、人社部、中国人民银行、审计署、国家税务总局、中国证监会、中国银监会、国务院台湾事务办公室、北京市人民政府、上海市人民政府、福建省人民政府、厦门市人民政府、北京市财政局、上海市财政局、厦门市财政局、清华大学、上海财经大学、厦门大学等组成，董事会主席由财政部部长担任。