预算绩效与政府会计研究中心前身是政府综合财务报告研究中心，成立于2018年6月，以厦门国家会计学院为主，联合福建省财政厅、厦门市财政局、厦门大学会计系、厦门天健咨询有限公司、容诚会计师事务所等单位共同发起。其目标定位系打造中国最权威的产学研一体化、非官方的、开放性政府会计研究平台。

十九大以来，我国政府预算绩效管理改革不断深入，为了更好地服务于政府预算绩效管理中心工作，2021年12月厦门国家会计学院“政府综合财务报告研究中心”正式改组为“预算绩效与政府会计研究中心”。改组后研究中心成员由预算绩效管理与政府会计领域专家组成，阵容更强大，跟踪前沿研究，积累实践经验。

近年来，研究中心围绕预算绩效与政府会计主题，一方面开展重要课题研究、撰写智库专报、发表学术论文，服务财政中心工作；另一方面发挥专业优势，研发预算绩效与政府会计专题课程，打造高端培训品牌项目，助力学院主责主业高质量发展，取得丰富成果。近年来，多人次在年度财政工作“优秀论文、优秀调查报告”评选中获奖。特别是多篇关于高等学校预算管理、预算管理一体化、零基预算改革等主题研究专报获得财政部领导批示，为深化我国预算制度改革献计献策。

2025年研究中心纳入福建省财政厅专家智库，开展多项福建省级财政重点绩效评价项目课题，服务地方财政中心工作。研究中心常年与厦门市财政局会计主管部门保持紧密联系，在政策实施、课题研究、后续教育等领域开展深入合作，为加强厦门市会计管理作出积极工作。